Устанавливаем и убираем значение у чекбоксов

<script src="http://code.jquery.com/jquery.min.js"></script>
<input type='checkbox'>

<script>
  var i = $('input')
  i.attr('checked', true) //check
  i.attr('checked', false) //uncheck

  i.attr('checked', 'checked') //check
  i.removeAttr('checked') //uncheck
</script>