Скопировать файлы по определённому расширению, сохраняя структуру папок

$ find dir/ -name '*.txt' | xargs cp -a --target-directory=dir_txt/ --parents

Скопировать файл с сохранением информации о владельце и группе

$ touch src
$ chown :www-data src
$ cp -p src dest_1
$ cp src dest_2
$ ls -l

итого 0
-rw-r--r-- 1 waserd www-data 0 Дек 24 18:10 dest_1
-rw-r--r-- 1 waserd waserd   0 Дек 24 18:10 dest_2
-rw-r--r-- 1 waserd www-data 0 Дек 24 18:10 src

копирует файл a/b/c в existing_dir/a/b/c, создавая отсутствующие промежуточные каталоги.

$ cp --parents a/b/c existing_dir

Рекурсивно скопировать каталог, но при этом не следовать по символьным ссылкам

$ cp -rP /home/www/ backup/