Сконвертировать mov в flv с определённым разрешением и битрэйтом

$ ffmpeg -i src.mov -s 640x360 -b 1700k -vcodec flv -ar 44100  out.flv

Сконвертировать mp4 в webm среднего качества

$ ffmpeg -i src.mp4 -c:v libvpx -crf 10 -b:v 1M -c:a libvorbis out.webm