Элементы массива разделяются пробелами Для обработки строк, как элементов массива нужно на время изменить разделитель:

LD_IFS="$IFS"
IFS=$'\n'

declare -a a
a=( $(cat "file.txt") )
echo "Total:" ${#a[@]}
for i in "${a[@]}"
do
    echo "$i"
done

IFS="$OLD_IFS"